Il Seme delle Tenebre (暗黒の種 Ankoku no Tane) è un oggetto che appare in Digimon Adventure 02. Se viene "piantato" nel corpo di un essere umano lo rende progressivamente più intelligente e abile nelle attività fisiche, ma al tempo stesso crudele, insensibile e privo di scrupoli. Assorbendo l'energia del suo ospite può maturare, diventando un "Fiore delle Tenebre".
La prima vittima del Seme delle Tenebre è stato Ken Ichijouji, un Diprescelto che sotto la sua influenza vestì i panni del malvagio "Imperatore Digimon". In seguito Yukio Oikawa creò delle copie del seme originale e le inserì in altri venti bambini.